대한민국 제16대 대통령 선거를 앞두고 새천년민주당은 2002년 3월 9일부터 4월 27일까지 대한민국 역사상 최초로 국민 참여 대통령 후보 경선을 실시하였습니다. 이 경선은 대의원 20%, 일반 당원 30%, 일반 국민 50%의 비율로 선거인단을 구성하였으며, 선호투표제를 도입하였습니다. 일반 국민 선거인단 모집에는 약 190만 명이 신청하는 등 높은 관심을 보였습니다.
경선 과정에서 비주류로 분류되던 노무현 후보는 당내 주류의 지원을 받던 이인제, 한화갑 등의 후보들을 제치고 최종 승리하였습니다. 노무현 후보는 4월 27일 서울에서 열린 전당대회에서 최종 후보로 확정되었으며, 이는 일반 국민들의 열성적인 지지에 힘입은 결과였습니다. 그러나 이러한 결과는 당내 갈등을 야기하여, 이후 당의 분열로 이어지는 계기가 되기도 하였습니다.